Jonathan Silva alcanzó su mayor protagonismo en el club almeriense de la mano del técnico José María Gutiérrez 'Guti', con el que jugó 22 partidos, aunque posteriormente fue perdiendo protagonismo y tuvo que buscar minutos en otros equipos.
Así, el zaguero brasileño fue cedido a Las Palmas y, posteriormente al Botafogo antes de volver a Almería, club que ahora ha hecho pública la rescisión del contrato.