Guerreiro abrió el marcador en el minuto 65 con un remate desde la frontal del área tras un saque de esquina cobrado a ras de piso por Joshua Kimmich.
En el descuento Müller sentenció aprovechando una confusión de la defensa del Colonia tras un avance del Bayern que parecía conjurado.
El entrenador del Bayern, Thomas Tuchel, había hecho muchas rotaciones en el once inicial, algunas de ellas forzadas y otras pensando seguramente en la vuelta de la Liga de Campeones la semana próxima ante el Arsenal.
Una buena noticia fue el regreso al equipo del centrocampista Aleksandr Pavlovic que jugó 79 minutos tras haber sido baja las últimas semanas por una infección.
Leroy Sané no estuvo en la convocatoria pero según Tuchel deberá volver a los entrenamiento mañana o a más tardar el lunes.