La botella de plástico fue lanzada al área técnica del Villa en las postrimerías de la derrota en Premier League en Stamford Bridge.
"El club está acusado de no asegurar que sus jugadores y/o otro personal relevante dentro del área técnica no se comportaran de forma impropia, provocativa o abusiva en alguna forma", dijo la FA en un comunicado.
El Chelsea ha investigado el incidente y no ha hecho comentarios al respecto por el momento.
