Los felinos tienen 36 puntos y conservarán la cima de la tabla si más tarde el Guadalajara no vence al Tijuana.
El Pachuca se quedó en 31 puntos en la decimotercera posición de la clasificación.
Los goles de Pumas los marcaron Uriel Antuna y el paraguayo Robert Morales, de penalti.
El visitante abrió el marcador gracias a un remate de cabeza de Antuna que superó al guardameta Carlos Moreno al minuto cinco.
Un minuto después Brian García, del Pachuca, se fue expulsado por dar una patada a Rodrigo López.
El 2-0 cayó por la vía de un penalti que conectó Robert Morales en tiempo agregado, luego de una falta dentro del área de Víctor Guzmán sobre Jordan Carrillo.
En el segundo tiempo el Pachuca intentó reaccionar, pero no le alcanzó.
El venezolano Salomón Rondón, del local, fue expulsado sobre el final del juego.
En otro partido, los Tigres derrotaron 5-1 al Mazatlán para amarrar su boleto a la fase final.
Los felinos llegaron a 25 puntos que los colocan en el sexto lugar, dentro de los ocho que avanzan a la Liguilla. El Mazatlán se quedó en 15 unidades en el decimosexto escalón.
Los tantos del triunfo los anotaron los argentinos Juan Brunetta, con doblete, y Ángel Correa, Diego Sánchez y Ozziel Herrera; por Mazatlán marcó Gabriel López.
El local fue al ataque desde el inicio y encontró su recompensa al minuto 15, gracias a un disparo potente desde fuera del área que no alcanzó el guardameta Ricardo Rodríguez para marcar el 1-0.
En la segunda mitad Tigres mantuvo la presión, consiguió el 2-0 al 58 en una jugada por izquierda de Ozziel Herrera en la que cedió el balón para Ángel Correa, quien fusiló al portero.
El 3-0 llegó al 62, de nuevo gracias a un disparo desde fuera del área de Brunetta.
El visitante respondió al 77, 3-1, con un remate de Gabriel López, pero Tigres apagó la reacción al minuto 80 con el 4-1 que marcó Diego Sánchez y el 5-1 de Ozziel Herrera al 84.
Más tarde Guadalajara recibirá a Tijuana, el León visitará al Toluca, el América chocará con Atlas y Juárez se medirá al San Luis.
La decimoséptima jornada arrancó el viernes pasado con el triunfo del Querétaro por 1-2 sobre el Puebla y concluirá este domingo con el Santos Laguna-Monterrey y Cruz Azul-Necaxa.