El Bayern afrontó el partido sin Joshua Kimmich, todavía ausente tras la muerte de su padre, y sin los lesionados Luis Díaz y Manuel Neuer. El entrenador, Vincent Kompany, tampoco estuvo en el banquillo por enfermedad y fue sustituido por su segundo, Aaron Danks.
Lea más: Manchester City avanza en los penales ante el Brighton de Diego Gómez
El partido estuvo relativamente abierto en la primera parte antes de que el Bayern arrasará en el segundo tiempo.
El Bayern tuvo mucho control desde el comienzo con Tom Bischof manejando los hilos en el medio campo y Michael Olise y Lennart Karl alternándose en la media punta y con Ismael Saibari como delantero centro.
En el minuto 10, el Bayern abrió el marcador por medio de Olise, que definió a puerta de vacía después de que Saibari le tocará el balón en corto ante la salida del portero Dominik Reimann.
La jugada la había iniciado Karl con un pase entre líneas desde el centro del campo que había dejado a Saibari solo en el área.
El dominio del Bayern era claro, pero en su primer avance prometedor el Magdeburgo logró el empate con un remate desde fuera del área de Mateusz Zukowski que pegó en Hiroki Ito descolocando por completo al meta Jonas Urbig.
El equipo bávaro, sin embargo, no tardó en adelantarse de nuevo en el marcador con una diana de Saibari, que marcó con una vaselina por encima del portero tras un gran pase de Olise.
Tras el descanso, el Bayern aumentó su ventaja con un penalti convertido por Olise cuando apenas habían pasado cinco minutos de la segunda parte.
Davies marcó el cuarto del conjunto local, en el minuto 70, al tocar sobre la raya de meta un centro de Karl.
El Bayern, sin recurrir a Kane, logró dos goles más. El quinto lo marcó Nathaniel Brown, tras un pase corto de Davies, y en el tiempo añadido el joven David Santos completó la media docena con un remate desde fuera del área.
6 - Bayern: Urbig; Stasinic, Tah, Ito, Brown; Laimer (Pavlovic, 68), Bischof (Santos, 83); Olise (Boey, 68), Karl, Gnabry (Davies, 46); Saibari (Binder, 75).
1 - Magdeburgo: Reimann; Nadjombe, Tobias Müller, García MacNulty, Nollenberger (Bockhorn, 63); Chavez (Michel, 61), Muse (Tachie, 85), Hyryläinen (Mergner, 75); Iyoha (Baars, 75), Zukowski, Atik.
Goles: 1-0, min 10: Olise. 1-1, min 15: Zukowski. 2-1, min 21: Saibari. 3-1, min 50: Olise, de penalti. 4-1, min 70: Davies. 5-1, min 73: Brown. 6-1, min 93: Santos.
Árbitro: Harm Osmers. Amonestó a Michel, Brown, García MacNulty, Pavlovic y Nadjombe.
Incidencias: partido de dieciseisavos de final de la Copa de Alemania disputado en el Allianz Arena de Múnich.