El departamento de bomberos del condado central de Nantou informó de que la más afectada fue una mujer de 45 años, trasladada de madrugada a un hospital con heridas en la cabeza y hemorragia.
Su acompañante, un hombre de 58 años, también recibió el impacto del rayo, aunque sus lesiones se limitaron a múltiples contusiones y su estado no era crítico.
Ambos habían iniciado la ascensión hacia la cima desde el refugio Paiyun Lodge, punto de partida habitual para los montañistas que buscan alcanzar la cumbre.
La oficina de bomberos recibió el aviso en torno al mediodía del miércoles y pidió apoyo a la Policía y a la Jefatura del Parque Nacional de Yushan, aunque el mal tiempo impidió evacuar a los heridos en helicóptero.
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Finalmente, un equipo de rescate logró trasladarlos de regreso al refugio Paiyun Lodge hacia las 18:00 horas (08:00 GMT) de ese mismo día.
Allí, el personal médico determinó que el estado del hombre era estable, pero aconsejó la hospitalización inmediata de la mujer, quien fue descendida hasta el inicio del sendero en la mañana del jueves.
Con 3.952 metros de altitud, el monte Yushan es el pico más alto de Taiwán y del nordeste de Asia.
Aunque su ascensión no es especialmente difícil, los accidentes son frecuentes en la zona: en marzo de este año, dos escaladores murieron tras caer por una de las laderas de la montaña.