El hasta ahora líder, Matthew Brennan, no consiguió mantener la primera posición tras descolgarse en las últimas ascensiones de esta etapa de media montaña.
La etapa, de más de 178 kilómetros entre Arcos de la Llana y Valle del Sol, comenzó con una escapada formada por Javier Ibáñez (Caja Rural-Seguros RGA), Rodrigo Álvarez (Burgos Burpellet BH), Yago Aguirre (Euskaltel-Euskadi), Diego Uriarte (Equipo Kern Pharma) y Rayan Boulahoite (TotalEnergies), que abrió una renta máxima de dos minutos y medio sobre el pelotón.
La fuga mantuvo el control de la carrera durante buena parte del recorrido y permitió a Rodrigo Álvarez reforzar sus opciones en la clasificación de la montaña al coronar en primer lugar el Alto de La Yesera, por delante de Aguirre, Ibáñez y Boulahoite.
La carrera comenzó a endurecerse en el Alto de Valmala, donde Aguirre fue el primero en perder contacto con la cabeza.
Los continuos ataques entre los escapados fueron deshaciendo el grupo hasta dejar únicamente a Boulahoite y Uriarte al frente, mientras el pelotón iba absorbiendo paulatinamente a los corredores descolgados.
Rodrigo Álvarez fue el último superviviente de la escapada y resistió hasta asegurar los puntos de la montaña antes de ser neutralizado junto al resto de fugados a falta de unos 13 kilómetros para la llegada.
A partir de ese momento, el Red Bull-BORA-hansgrohe asumió el mando del pelotón e impuso un fuerte ritmo que terminó por descolgar al líder de la general, Matthew Brennan, a 2,7 kilómetros de la meta, incapaz de seguir el ritmo de los mejores escaladores en las duras rampas finales hacia Pineda de la Sierra.
En los últimos kilómetros, Jay Vine lanzó un cambio de ritmo al que respondieron Onley y Ciccone, aunque el movimiento no resultó definitivo.
El ataque más valiente llegó a falta de 500 metros, cuando el burgalés Mario Aparicio aceleró en cabeza con la intención de sorprender a los favoritos y buscar una victoria de prestigio ante su público.
Sin embargo, Onley respondió con contundencia y terminó imponiendo su superioridad en el esprint final frente a Ciccone, mientras Enric Mas completó el podio entrando a 2 segundos de diferencia.
La victoria permite a Oscar Onley vestirse con el maillot morado de líder de la Vuelta a Burgos, aprovechando la pérdida de tiempo de Brennan en el ascenso final.
La tercera etapa se disputará este jueves entre Excavaciones Mikel en Merindad de Montija, con un recorrido de alta exigencia que culminará en el Balneario de Corconte tras 184 kilómetros.