Pero lo más importante sin duda para el balompié guaraní en esa temporada fue lo de la Academia. Hasta ese año fue solo Olimpia el que llegó a jugar el partido definitivo de la Libertadores. Nacional sorprendió al estar en la etapa cumbre del certamen.
El representante paraguayo integró el Grupo 4 con Atlético Mineiro de Brasil, Zamora de Venezuela e Independiente Santa Fe de Colombia. Fue segundo del grupo y tuvo que jugar contra el mejor primero, Vélez Sarsfield, porque fue el peor segundo. En octavos la academia ganó 1-0 en Asunción y en Argentina consiguió un gran empate de 2-2 para pasar de fase.
En cuartos de final jugó ante Arsenal de Argentina. Fue victoria 1-0 en Asunción y en el vecino país un empate sin goles para llegar a semifinales. Allí el rival fue el Defensor Sporting de Uruguay. Brian Montenegro y Derlis Orué anotaron los goles para el 2-0 y clasificó a la final, perdiendo 1-0 en Montevideo.
El partido soñado para muchos equipos lo puso frente a San Lorenzo de Almagro, que también buscaba su primera Libertadores. En Asunción fue empate 1-1 con gol de Julio Santa Cruz para los tricolores y en Buenos Aires el equipo paraguayo no pudo y terminó cayendo 1-0 con la anotación de penal del argentino nacionalizado paraguayo Néstor Ortigoza.