Además, el Ciclón logró el título del Torneo República en dos ocasiones; en 1991 venciendo en la final a Luqueño y en el 95 al superar a Libertad.
En 1996 se inaugura la modalidad de disputa de dos torneos anuales al año (Apertura y Clausura) y el azulgrana ese año se adjudicó el Clausura, y el Campeonato Absoluto, al vencer a Guaraní.
En el 90, el Ciclón tuvo el retorno de Colombia de Juan Manuel Battaglia, quien dejó sus huellas en el Ciclón al haber sido uno de los grandes protagonista del título de 1977 y tuvo como figuras Catalino Rivarola, José Domingo Riveros, Félix “Zanahoria” Brítez Román, Gustavo Sotelo, Estanislao Struway y Pedro Garay, Blas Cristaldo, antiguos héroes del logró del 87. Otros protagonistas fueron Roberto “Gato” Fernández, “Patoruzú” Eumelio Palacios, Justo Jacquet, Teófilo Barrios, Francisco Ferreira, Buenaventura Ferreira y Rafael Bobadilla, quien pasó por breves meses a barrio Obrero desde la vereda de enfrente, y se afianzó en Primera la “Hormiguita atómica” Ceferino Villagra. También empezaron sus primeros balbuceos en el círculo privilegiado, Carlos “Colorado” Gamarra y Francisco “Chiqui” Arce, dos que con el paso del tiempo escribirían páginas gloriosas no solo en el Ciclón sino además en el seleccionado paraguayo y en diferentes canchas del mundo, con talento, sacrificio y capacidad, como verdaderos embajadores deportivos del Paraguay. Igualmente apareció el goleador Miguel Sanabria.
Sergio Markarián fue el entrenador y el Ciclón superó en la final a Libertad en dos confrontaciones. El primer cotejo por 2-1 (goles de Justo Jacquet y Buenaventura Ferreira) y, en la revancha, por 2-0, con tantos de Miguel Sanabria y Gustavo Sotelo.
En el 1991, el azulgrana dejó el campeonato en manos de Sol de América y en 1992 regresó al frente del equipo el brasileño Valdir Espinosa, sustituyendo a su compatriota Paulo César Carpegiani, desde la 6ª fecha del oficial y con él volvió el título a barrio Obrero.
La base del equipo cerrista era la misma del 90 y el destino puso nuevamente a Libertad en una final ante el Azulgrana. La definición fue a lo Ciclón y tras dos empates de 2-2 y 0-0, se arribó al tercer y definitorio cotejo. Fue goleada por 5-0 y título 22 para Cerro. Marcaron los goles el “rapaí” Alex Rossi y “Chiqui” Arce, dos veces cada uno y Virgilio Ferreira , el restante.
El campeonato del 94, fue denominado “Gran Torneo Nacional Fernando Cazenave”, y contó con la mayor participación de clubes de todos los tiempos, totalizando 20 equipos, 14 de la Capital y seis del interior. Gerardo González fue el técnico, y el plantel era casi el mismo de las dos conquistas anteriores. Cerro ganó la primera etapa y debió enfrentar en la final a Olimpia, ganador de la segunda parte del torneo. El Ciclón superó al Decano en la serie final. El partido de ida terminó 1-1, siendo autores de los goles Miguel Sanabria (quien pasó ese año al Decano), para Olimpia y de “Chiqui” Arce para Cerro. La revancha fue 0-0 y en la definición desde los 11 metros, marcaron para el Ciclón, Juan Carlos Villamayor, Virgilio Ferreira, Héctor “El Matador” Núñez, quien se consagró goleador del año con 27 tantos y Danilo Aceval. El arquero Aceval detuvo los penales a Suárez y Battaglia y Guirland tiró afuera, para la conquista cerrista.
En la conquista del 96, la 24ª del historial azulgrana, tuvo que superar a Guaraní en la finalísima, teniendo en cuenta que El Legendario se adjudicó el Apertura y el Ciclón el torneo Clausura. Fue el año en que se iniciaron los torneos cortos en Paraguay. En una controvertida definición, condimentada por la suspensión del entrenador cerrista Carlos Kiese, el equipo de barrio Obrero despacho a su rival en dos partidos. En el primero triunfó el Aborigen por 2-1 y en la revancha, el Ciclón arrasó con todo y goleó por 5-1, campeonando por diferencia de goles. Los cinco tantos de ese último cetro de los años 90 fueron obra de Osvaldo Cohener y Félix Brítez Román, ambos dos veces y Justo Javier Meza. Los nuevos, con respecto a las otras conquistas fueron, Juan Carlos Villamayor, Néstor “Cachito” Espinoza, Julio César Enciso, Javier “Boby” Espínola, Carlos “Paraguari” Espínola, Roberto “Tiburón” Torres y Jorge Martín Núñez.
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