Estos comisionados recibían, aparte de sus salarios de entre G. 4 y 15 millones que siguen cobrando en sus respectivos cargos en sus reparticiones de origen, un “adicional” o “plus” de entre G. 15 y 25 millones por mes.
Los funcionarios fueron comisionados durante la gestión del exdirector Miguel Fulgencio “Kencho” Rodríguez y llegaron a ocupar importantes jefaturas.
La figura del comisionamiento, si bien, ni siquiera está dentro del reglamento interno de la entidad, se utilizó de manera limitada en anteriores administraciones para que funcionarios específicos de la ANDE prestaran servicios a la EBY. Posteriormente, desde agosto del 2008, la administración de Lugo, entonces representada por el exdirector Carlos Cardozo y luego por “Kencho”, empezó a recibir comisionados indiscriminadamente como una forma de “premiar” a los amigos y familiares de las autoridades del gobierno anterior.
Es por ello que la EBY se llenó de funcionarios públicos que, sin dejar sus puestos anteriores, pasaban a “trabajar” en la binacional y recibir un plus denominado “gratificación mensual por comisión de servicios” que iba desde los 6 hasta los 10 millones de guaraníes mensuales, pero que con los beneficios adicionales otorgados por la EBY llegaban a más de 20 millones de guaraníes.
En la era Cáceres, quien asumió la entidad en diciembre de 2011, se fueron “devolviendo” funcionarios a sus respectivas reparticiones publicas, ya que los montos erogados en concepto de gratificaciones y adicionales hacían que los mismos fueran una carga muy pesada para la entidad.
Con la caída del luguismo hubo una decisión del Presidente Franco de “limpiar” de comisionados la entidad por las escandalosas gratificaciones y porque además se tenían denuncias de que los mismos ni siquiera tenían funciones, y en algunos casos no asistían a trabajar.