La ilegalidad fue descubierta en 2007, mediante una auditoría ordenada por su entonces titular, Ceferino Farías.
En un intento por detener el robo, la entidad planteó a las aerolíneas firmar un convenio para que las mismas oficiaran de agentes retentores de los impuestos. Algunas aceptaron y otras no, con lo cual el desvío del dinero de los contribuyentes siguió varios años más.
Así lo constató otra investigación practicada en el ente en 2009, en la que saltaron los nombres de varios dirigentes sindicales que fueron sumariados.
Los antecedentes fueron remitidos a Función Pública, pero nunca se supo de alguna medida adoptada. Se dice que fueron protegidos por el senador colorado Óscar González Daher.
Según fuentes cercanas a la institución, además de las tasas de embarque, existirían otros rubros a través de los cuales los funcionarios hacen sus “negocios”. Hablan de ingresos de contrabando y de vuelos sin declarar.