La novena es perpetua. Se reza todos los jueves del año. Según el hermano Mariosvaldo Florentino, cada fiel debe hacer las intenciones deseadas en el novenario. Los primeros jueves de cada mes se reúne el grupo de oración de San Pío, que reza el santo rosario, misa y adoración al Santísimo.

En la parte de atrás de la capilla está proyectada la construcción de un pequeño convento para que los hermanos puedan tener allí una fraternidad estable. Por otra parte, todos los domingos se celebra la misa a las 11:00 en esta capilla.

Por otro lado, los Hermanos Franciscanos Capuchinos tienen actualmente en Asunción dos conventos.

En el barrio Trinidad, calle San Juan esq. Tte. Benítez, con tel. 295578, funciona la capilla conventual San Pío de Pietrelcina.

Aquí se celebran misas: los martes a las 19:30; los miércoles a las 15:00 y 19:30 (con la Novena Milagrosa de San Pío), los jueves a las 19:30, con adoración al Santísimo, y los domingos a las 10:30. También hay confesiones los miércoles de 8:00 a 11:30 y de 14:00 a 17:30.

Todos los primeros miércoles y los días 23 de cada mes se tiene la exposición de las reliquias de San Pío de Pietrelcina. En estos días los horarios de misas son los siguientes: 6:00, 15:00 y 19:30, con la Novena Milagrosa del Padre Pío.

La capilla conventual San Leopoldo es otro sitio de oración que tienen los capuchinos en Itá Enramada. Está ubicada en calle El Trabajador 390 casi Av. Perón, con tel. 310581.

Aquí hay misas de lunes a sábados, a las 6:00. Los sábados, a las 19:00, también hay misa con especial bendición para las familias. Los domingos la eucaristía comienza a las 20.00. Todos los viernes, desde las 8:00 hasta las 11:30 y desde las 14:00 hasta las 17:30, hay confesiones.