La Prelatura Ordinaria de Caacupé fue creada por el papa Juan XXIII con la bula Aeque ac Sanctus Petrus del 2 de agosto de 1960, con territorios desmembrados de las diócesis de Asunción, Concepción y Villarrica del Espíritu Santo. El Decreto Ejecutorio es de monseñor Carlos Martini, nuncio apostólico. El prelado tomó posesión canónica el 7 de octubre de 1960.

El papa Pablo VI, por Decreto Consistorial del 29 de marzo de 1966, la elevó a diócesis con los mismos límites anteriores. Su primer obispo fue monseñor Ismael Blas Rolón Silvero (+) y le sucedió monseñor Demetrio Aquino (+), quien estuvo al frente 22 años.

En 1994 monseñor Pastor Cuquejo fue administrador apostólico durante un año y tuvo la misión de preparar el camino al futuro obispo, monseñor Claudio Giménez, quien en 1995 asumió como titular diocesano y continúa hasta hoy.

Con el novenario de la Virgen, la iglesia en Paraguay inició un trienio (tres años) dedicado a los jóvenes de nuestro país. Durante las prédicas, los religiosos enfocaron sus homilías en la realidad juvenil.