Es la réplica de la antigua iglesia de la Virgen de los Milagros de Caacupé que fue construida hacia el año 1885 y que fue demolida cuando se fue terminando la basílica. Está dedicada a la Sagrada Familia por disposición del entonces obispo de la Diócesis, Monseñor Demetrio Aquino.
La antigua iglesia era una emblemática obra que marcó la religiosidad de generaciones de paraguayos que cada 8 de diciembre concurrían en masa para rendir tributo de fe a la Virgencita Azul.
Aunque la leyenda de que el indio José había tallado la imagen milagrosa ya dio origen a un sitio de culto en la zona, con la fundación del pueblo de Caacupé en 1770 se construyó un oratorio más amplio. De este modo la devoción a María se extendió a todo el país, incluso más allá de las fronteras, comenta el periodista Javier Yubi.
La antigua edificación de fines del siglo XIX se mantuvo en pie exactamente hasta 1979 cuando empezó a ser derribada en medio de críticas de varios sectores.
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El crecimiento de la devoción hizo que las autoridades eclesiásticas decidieran emprender una construcción más amplia. El arquitecto Miguel Ángel Alfaro y el obispo auxiliar monseñor Aníbal Mena Porta observaron el sitio en 1937, y en febrero de 1940 Alfaro entregó los planos finales.
El 4 de abril de 1945, el arzobispo de Asunción, monseñor Juan Sinforiano Bogarín, bendijo la piedra fundamental de la nueva basílica. La obra quedó paralizada en los años 60 y fue monseñor Demetrio Aquino el que se ocupó de su conclusión. El 18 de mayo de 1988, el papa Juan Pablo II ofició una misa y bendijo la basílica.