La bancada liberal de la Cámara Baja de entonces llegó a preparar un borrador de libelo acusatorio que al final no se presentó. Entre las causas mencionadas figuraban cuestiones vinculadas a su actuación como fiscal antisecuestro.
La primera de ellas hacía referencia al asesinato del capitán Enrique Piñánez, durante una explosión en Cuero Fresco (Concepción), en noviembre del 2014. El cuestionamiento era que Quiñónez, estando al frente de la investigación, no había logrado hechos positivos que esclarecieran el caso y evitó que los familiares del militar pudieran acceder al expediente. Otra causal de enjuiciamiento se refería a las escuchas ilegales y solicitud de datos de usuarios de las telefónicas por parte de la Fiscalía sin orden judicial.
Díaz Verón
Contra el antecesor de Quiñónez en el cargo, Javier Díaz Verón, se llegó a presentar, en enero de 2018, una acusación concreta ante la Cámara de Diputados para su enjuiciamiento político
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Díaz Verón, entonces fiscal general “con permiso” fue salvado con los votos de 27 diputados colorados cartistas y con 10 ausentes. La acusación era mal desempeño de funciones, usurpación de cargo y persecución a inocentes, entre otras acusaciones.