Se encuentra en el centro histórico, detrás de la iglesia parroquial. Conserva imágenes y otros objetos de arte religioso, utensilios y piezas de arte popular.

Dentro del Museo San Rafael se encuentra el Museo del Ñandutí, donde se puede apreciar todo lo referente a la joya artesanal que identifica al municipio, como su origen, proceso de confección y artículos en exposición.

Además, está el Museo Comunitario del Ñandutí, dependiente de la Asociación del Grupo Artesanal Ñandutí, ubicado sobre la calle Bernardino Caballero 115 c/Pa’i Pérez. En el lugar se encuentra todo lo referente al precioso tejido, considerado emblema del municipio.