El actual territorio de Fernando de la Mora, durante la época colonial y gran parte del siglo XIX, formó parte de extensas compañías rurales dependientes de San Lorenzo del Campo Grande, actualmente ciudad de San Lorenzo. La zona estaba integrada principalmente por campos agrícolas y de cría de ganado menor, y los habitantes eran familias campesinas que abastecían de productos a la capital del país.
Antes de su conformación como municipio, el lugar era conocido como Zavala Cue, denominación vinculada a antiguas propiedades rurales existentes en la zona. Con el crecimiento poblacional registrado hacia el inicio del siglo XX, comenzaron a consolidarse núcleos urbanos impulsados por la expansión de la ciudad de Asunción y la instalación de nuevas vías de comunicación.
La elevación a la categoría de municipio fue promovida por 21 personas, muchas de ellas extranjeras o descendientes de los primeros pobladores de la otrora Zavala Cue. Tenían como objetivo en común la creación de un municipio que facilitara la atención a sus necesidades y a través del cual sus impuestos retornaran en beneficio de los vecinos.
La primera asamblea formal se realizó el 7 de julio de 1938. Todos los participantes del acto fueron considerados “Padres Fundadores”.
Los honorables ciudadanos consiguieron la independencia de San Lorenzo del Campo Grande. La ley de desafectación del territorio para el nuevo distrito fue aprobada en el Parlamento Nacional el 28 de marzo de 1939. Sin embargo, como los festejos se iniciaron en febrero, en la entonces Zavala Cue, la fecha de independencia se fijó el 28 de febrero de 1939, siendo presidente del Paraguay Félix Paiva.
El nombre de la ciudad fue adoptado en homenaje al prócer de la Independencia Nacional Fernando de la Mora, integrante del grupo revolucionario que protagonizó la gesta del 14 y 15 de mayo de 1811.
Crecimiento y consolidación
Tras su creación, la ciudad experimentó un acelerado crecimiento demográfico debido a su ubicación estratégica entre Asunción y las ciudades del interior del departamento Central. La llegada de trabajadores, comerciantes y familias provenientes de distintos puntos del país impulsó la formación de nuevos barrios y el desarrollo de actividades económicas.
Durante las décadas de 1950 y 1960 se produjo una fuerte expansión urbana, acompañada por la apertura de industrias, laboratorios, talleres y comercios que consolidaron a Fernando de la Mora como ciudad dormitorio de la capital del país, aunque posteriormente desarrolló una dinámica económica propia.
El crecimiento del comercio minorista y mayorista acompañó este proceso, convirtiendo a la ciudad en un punto estratégico para la distribución de productos hacia distintos puntos del área metropolitana. A lo largo de avenidas principales surgieron mercados, centros comerciales, locales gastronómicos y servicios financieros que fortalecieron la economía de la localidad.
El distrito quedó dividido en dos zonas bien diferenciadas: Fernando de la Mora Zona Norte y Zona Sur, separadas geográficamente por la avenida Mariscal López, una de las principales arterias metropolitanas.