A diferencia de otras advocaciones de la Virgen María, la de la Virgen de los Milagros de Caacupé no hizo ninguna aparición, según la leyenda transmitida de generación en generación, sino se origina en la imagen tallada en madera por un nativo guaraní y se le atribuyen milagros desde el principio.
Según los registros, es una tradición paraguaya que data del siglo XVII. Varias leyendas rodean a la figura de la Virgen, pero la más conocida es la escrita por el padre tobateño Teófilo Cáceres Vega (+), quien fue un gran estudioso del origen de la devoción.
Ocurrió hacia el año 1603 cuando un indígena desconocido de Táva Tobatí (actual compañía Tobatí Tuyá de Arroyos y Esteros) se internó en la selva para buscar madera que utilizaría para tallar la imagen de la Inmaculada Concepción de María y otros santos. Estos se realizaban para el adoctrinamiento del pueblo en el templo que acababan de erigir.
El nativo recorrió cinco kilómetros cuando un hermoso cedral cautivó sus ojos y de repente escuchó un gran estampido, como de un tropel de gente que avanzaba hacia el cedral. Se trataba de los indómitos mbayáes que incursionaban en esos parajes para asaltar al pueblo.
Como su vida pendía de un hilo, recurrió a su fe y se acurrucó detrás de un imponente cedro, desde donde prometió a la Inmaculada Concepción de María que si lo salvaba, esculpiría dos imágenes suyas de la madera del árbol. Al terminar la plegaria, el aborigen escuchó un estrepitoso trueno que atemorizó a los silvícolas y se dieron a la fuga.
El indígena fue luego bautizado “Bezaleel” (artesano elegido por Dios) y esculpió una imagen de la Virgen para la devoción de su pueblo y otra para veneración personal y familiar.
La imagen de la Inmaculada Concepción de María midió 1,15 metros de altura y fue destinada al templo de la Táva Tobatí; la otra imagen de 30 a 40 cm de altura quedó para su devoción particular. Esta última tenía la medida para caber en un cofre para acompañar al artesano en sus viajes.
En un viaje a Asunción, el escultor llevó consigo la imagen de la Virgen en un hermético maletín de cuero. Durante el viaje lo sorprendió la inundación de la comarca de Arecayá, que lo dejó sin vida.
Según la leyenda, el agua fue conjurada por el evangelizador franciscano fray Luis de Bolaños formándose así el lago Ypacaraí. Fue ahí cuando el religioso avistó el maletín con el tallado flotando en las aguas. Un indígena llamado José se lanzó a las aguas para recuperar la imagen. Desde entonces, el pueblo la llamó la Virgen de los Milagros.
Fray Luis de Bolaños se la entregó al indígena que resultó ser un carpintero de la comarca de Atyrá, que se encargó de pregonar el milagro de la imagen hallada en el lago Ypacaraí.
Un día, el padre doctrinero de Atyrá comisionó a José a Ka’aguy Kupe en busca de selectas maderas para sus construcciones. El indígena se sintió atraído como por un imán por esa zona tan pintoresca. Un buen día, él y su familia –llevando reverentemente su Virgencita– se asentaron en Ka’aguy Kupe (hoy Caacupé). La andariega familia consiguió una parcela en las proximidades de Zanja Hû, a unos dos kilómetros del entonces futuro ejido de Caacupé.
José pronto erigió una hermosa ermita en honor de la venerada imagen y comenzaron a concurrir junto a ella devotos de la zona, que pronto se congregaron en caravanas.
A la muerte del nativo José, de su esposa y su único hijo, la imagen quedó al cuidado de una hermana del carpintero atyreño, cuyo nombre también quedó en el anonimato. Por breve tiempo, hacia 1750, la imagen de la Virgencita volvió a Tobatí y luego regresó definitivamente a Ka’aguy Kupe.
La hermana de José envió la imagen a la familia Aquino, de Caacupé. Abrumada por la responsabilidad, la familia se la entregó a doña Juana Curtido de Gracia, que donó 200 metros de terreno para el levantamiento de un oratorio para ser morada de la Virgen de los Milagros de Caacupé, que con el tiempo fue transformándose en un Santuario, para luego ser elevada a Basílica menor, en el 2015, convirtiéndose en el mayor centro de devoción mariana del país y la Capital Espiritual de la República, donde cada año convergen miles de promeseros.