Mientras tanto, lo que quedaba del Ejército paraguayo era perseguido por los aliados, luego de ocupar Asunción, en enero de 1869.
El mariscal López había ordenado desmantelar el ferrocarril de manera que no cayera en manos del enemigo, ya que era una herramienta sumamente estratégica. De las tres locomotoras que existían, dos fueron desarmadas, y partes o secciones de las vías, destruidas.
Sin embargo, rápidamente los argentinos trajeron desde Buenos Aires una locomotora y seis vagones para restaurar el servicio (Verón, 2000).
Un ejemplo de la utilización del tren, pero para fines lúdicos, puede encontrarse en el facsimilar que acompaña esta publicación y que lleva por título «Teatro argentino en Patiño-Cué».
El Ejército argentino había creado una compañía de teatro aficionado y proponía funciones en la localidad de Patiño-Cué, sitio donde se encontraba una de las casas de veraneo de la familia López-Lynch. Ofrecía las funciones con la inclusión del pasaje ida y vuelta desde Asunción al sitio a orillas del lago Ypacaraí.
Muy pronto, en 1870, el Estado encontró en la venta de los derechos de explotación, una solución para el pago de las cuentas públicas que acosaban al Paraguay. Comenzaría así una historia de traspasos, ventas y nacionalización en 1959, que terminaría con la conformación de la empresa que hoy en día se conoce como Fepasa, una sociedad mixta de capital privado y estatal que, paradójicamente, no administra nada, ya que el ferrocarril está totalmente parado desde hace años.
Hay que señalar que luego de la Guerra Grande, extensos territorios fueron vendidos a lo largo del país para pagar las deudas, algunos de ellos en el Chaco paraguayo. Empresas como Casado y Cía. tuvieron su propio sistema ferroviario, el mismo que fue utilizado con mucho provecho durante la contienda del 1932 al 1935 contra Bolivia, para transportar equipos y soldados nacionales.
En la actualidad, se pretende reflotar el servicio ferroviario. La propuesta de un servicio de tren de cercanías, cuyo primer tramo sería Asunción-Luque, está en los planes desde hace un tiempo y se espera que se concrete, debido a que el ferrocarril es un excelente medio de transporte y los paraguayos nos merecemos una vía de comunicación como esa.