Luego de la muerte del Dr. Francia, acostumbrados como estaban los paraguayos a que otro piense por ellos, recién el Congreso de 1841 estableció una forma de gobierno más estable para el país.
Esa forma fue la que se llamó el segundo consulado (el primero había sido formado luego de la independencia, en 1813). Dicho órgano estuvo conformado por Mariano Roque Alonso y Carlos Antonio López.
Inmediatamente luego de ser electos, pusieron manos a la obra para darle al Paraguay una dimensión diferente. López se encargó más bien de la parte administrativa y Alonso de la seguridad pública.
Varias fueron las determinaciones asumidas y las mismas están, afortunadamente para los investigadores, registradas en las colecciones del «Repertorio Nacional», el que puede ser considerado como el primer órgano de difusión del Paraguay moderno.
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En aquella época, los entierros en la ciudad de Asunción se realizaban en los alrededores de la antigua iglesia de la Encarnación, mirando hacia el río, en los terrenos aledaños al actual Palacio del Congreso. Esto se debe a que era costumbre cobijar a los difuntos en tierra santa.
Luego, por cuestiones de ordenamiento y con el criterio de adoptar medidas de salubridad, en mayo de 1842, se habilitó el camposanto de la Recoleta que conocemos hoy en día. El 20 de octubre del mismo año apareció un decreto que, en su artículo 4 dice (sic): «El campo santo de la Encarnación queda por ahora y hasta otra providencia, destinado para párvulos de las parroquias Catedral y Encarnación».
Lo cierto es que de esa manera, decreto mediante, en octubre de 1842 se ordenó el cierre del cementerio de la Encarnación para los adultos. Sin embargo, crónicas en la prensa hablaban de que por la noche la gente seguía haciendo los entierros de adultos a escondidas. Quizás debido a lo lejano de la Recoleta en aquella época, a la costumbre o comodidad de los deudos.
En 1889, un incendio destruyó gran parte de dicha iglesia. Esto motivó que la misma se traslade a otro sitio mejor para lo cual se eligió la colina en la que actualmente se encuentra, en las calles Herrera y 14 de Mayo. Con esto desaparecieron, definitiva y efectivamente, la iglesia y el cementerio capitalinos, dándose por fin cumplimiento al decreto del 20 de octubre de 1842.