Luego ocurrió el desmembramiento: primero, el distrito de Tomás Romero Pereira se llevó 60.000 hectáreas, la mitad; luego, la separación de Yatytay, que se quedó con 21.321 hectáreas, según datos del municipio.

Natalio Chisero, cuyo nombre lleva el puerto de este distrito, se cree que fue el encargado o capataz de la administración de la empresa La Industrial Paraguaya, del empresario francés Domingo Barthe y asociados. Esta empresa se instaló en el país en el año 1930, probablemente durante la presidencia de José Patricio Guggiari Corniglione (15 de agosto 1928 - agosto de 1932). Algunos sostienen que Natalio era un guaraní correntino que hacía de capataz.

Otros dicen que fue un hijo de Domingo Barthe, pero hasta ahora no se tiene una información fidedigna respecto a quién fue realmente Natalio. La opinión general es que fue un administrador del puerto que lleva su nombre, uno de los varios puertos que existían en el nordeste itapuense, desde donde se enviaban los rollos en jangadas (ytapajere) aguas abajo, hasta Encarnación, además de las ciudades de Santa Fe y Rosario, Argentina.

La superficie actual de Natalio es de 38.678 hectáreas. La población, de acuerdo con el censo del 2010 sería de 22.000 habitantes, aproximadamente. En tanto, la población urbana es de 3.000.

El límite urbano de la ciudad es: al norte, la calle Loma Porã, desde la ruta Próceres de Mayo hasta el aeródromo. Al este, la calle Enrique Harms, desde el aeródromo hasta la calle José Félix Estigarribia, y al sur, la calle José Félix Estigarribia, desde Enrique Harms hasta Próceres de Mayo (ruta asfaltada).