En este filme Thomas, después de sobrevivir al laberinto y al desierto, se encuentra separado de sus compañeros, los Habitantes, y no puede confiar en la organización CRUEL, que ya le ha engañado en anteriores ocasiones. En este momento lo más importante es encontrar la cura definitiva para la Llamarada, la enfermedad mortal que asola a la sociedad que le rodea. Para poder aplicar todo lo aprendido durante sus aventuras, Thomas tendrá que enfrentarse a un reto final, pero alcanzar la verdad no será nada sencillo. El filme está dirigido por Wes Bell.