La medida fue ordenada en la primera audiencia de extradición que enfrentó Flores, quien luego fue remitido a la Penitenciaría Nacional, al norte de Tegucigalpa, según el Poder Judicial.
El imputado es solicitado por el Tribunal Municipal de Filadelfia (Pensilvania) bajo cargos de "asesinato, secuestro, agresión por incidente y delitos relacionados", según la petición.
El Supremo hondureño programó para el próximo 16 de marzo la "audiencia de presentación y evacuación de medios de prueba", en la que el juez decidirá si admite o no la solicitud de extradición.
Flores fue capturado este miércoles en una zona montañosa del municipio de Lepaera, departamento de Lempira, este de Honduras, en una operación de la Agencia Técnica de Investigación Criminal (ATIC), indicó el Ministerio Público (Fiscalía) en un comunicado.
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El arresto fue posible gracias a labores de inteligencia del Equipo Fiscal Contra el Microtráfico de Drogas y el Centro Antipandillas Transnacional (CAT), señaló la Fiscalía.
En 2007, el Buró Federal de Investigaciones (FBI) de Estados Unidos incluyó a Flores en su lista de los 10 criminales más buscados, ofreciendo una recompensa de 250.000 dólares por información sobre su paradero.
Los hechos que se le imputan ocurrieron el 29 de julio de 2000 y, según el expediente, la víctima fue una menor de cinco años cuyo cuerpo fue hallado cinco días después envuelto en bolsas de plástico.
Los reportes forenses confirmaron que la pequeña presentaba signos de violencia sexual, según la información oficial.
La captura es fruto de la cooperación entre la Fiscalía hondureña y agencias de investigación de EE.UU., que mantenían un "especial interés" en el caso debido a la "gravedad" de los cargos y a la condición de prófugo de Flores durante más de 25 años.
Las autoridades de Honduras han entregado desde 2014 a más de 60 hondureños solicitados en extradición por Estados Unidos, en su mayoría por narcotráfico.