La petición se presentó el lunes luego de que el organismo informara al presidente de la Corte sobre el hallazgo de una mención de Toffoli en un mensaje encontrado en el teléfono móvil del banquero Daniel Vorcaro, propietario del Banco Master y uno de los investigados en el caso.
El aparato fue incautado durante un allanamiento autorizado por la justicia, pero la información encontrada permanece bajo sigilo.
Tras recibir la solicitud de la policía, Fachin notificó a Toffoli para que presente sus descargos y la decisión final quedará a cargo del presidente del Supremo Tribunal Federal.
Toffoli ha sido objeto de cuestionamientos en las últimas semanas por mantenerse como instructor del caso, después de que se revelaran supuestas irregularidades en un fondo de inversión vinculado al Banco Master.
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Ese fondo adquirió una participación en un resort en el estado de Paraná que pertenecía a familiares del magistrado.
En un comunicado enviado a la prensa, el despacho de Toffoli afirmó que la Policía Federal no tiene legitimidad para solicitar su recusación y señaló que la petición se basa en "suposiciones".
"Jurídicamente, la institución (la Policía Federal) no tiene legitimidad para formular ese pedido, ya que no es parte en el proceso", afirma la nota.
El caso del Banco Master ha sido calificado por el ministro de Hacienda, Fernando Haddad, como el mayor fraude bancario en la historia financiera de Brasil.
Tras su liquidación el año pasado, luego de que se descubriera que el Banco de Brasilia compró unos 12.000 millones de reales (2.278 millones de dólares) en títulos del Banco Master sin respaldo financiero, el escándalo ha salpicado a diversas autoridades incluyendo magistrados de la Corte Suprema.
Las investigaciones sobre la quiebra han hecho públicas las estrechas relaciones de Vorcaro con diferentes autoridades, principalmente, parlamentarios.