Antunes fue uno de los máximos cargos institucionales, junto al que ha sido hasta ahora presidente de la CEP, José Ornelas, al frente de la gestión del escándalo por los abusos sexuales en la Iglesia Católica en Portugal, y continuará esta labor durante los próximos años, cuando se deberán materializar las indemnizaciones estipuladas por la entidad eclesiática a las víctimas.
Más de 4.800 personas podrían haber sido víctimas de abusos por miembros de la Iglesia portuguesa en los últimos sesenta años, según un informe publicado en febrero de 2023 por la Comisión Independiente para el Estudio de los Abusos Sexuales de Niños en la Iglesia Católica.
El pasado 26 de marzo, la CEP anunció que había aprobado indemnizar a 57 víctimas con unas compensaciones que oscilarán entre 9.000 y 45.000 euros, algo que la principal asociación de afectados por los abusos, Corazón Silenciado, consideró una "afrenta".
En el pasado, Antunes fue rector del Santuario de Fátima entre 2008 y 2011, uno de los principales lugares de peregrinación católica del mundo, donde recibió en su día la visita del papa Benedicto XVI (2013-2025).
La asamblea de la CEP también eligió como nuevo vicepresidente a José Manuel Garcia Cordeiro, arzobispo de Braga.