El grupo, compuesto por cuatro mujeres y nueve menores, aterrizó en las ciudades de Melbourne y Sídney tras viajar desde el campamento de Al Roj, en el noreste sirio, pasando por Damasco y Doha.
Según el medio australiano ABC, que cita una rueda de prensa policial, una de las mujeres, detenida en Sídney, ha sido acusada de terrorismo, mientras las otras dos fueron arrestadas en Melbourne y se les acusa de crímenes contra la humanidad, incluyendo el comercio de esclavos.
Se espera que las tres comparezcan ante la Justicia en sendas ciudades el mismo viernes.
Las mujeres, algunas de las cuales viajaron años atrás a Siria junto a combatientes del EI, aseguraron antes a la cadena pública ABC que deseaban "volver a casa" y proteger a sus hijos después de haber vivido "un infierno" en los campamentos sirios. "Solo queremos que nuestros hijos estén seguros", afirmó una de ellas.
El ministro australiano del Interior, Tony Burke, confirmó esta semana que las agencias de seguridad estaban preparadas para la llegada y había advertido que "una parte será detenida".
"Estas son personas que tomaron la terrible decisión de unirse a una organización terrorista peligrosa y de colocar a sus hijos en una situación indescriptible", declaró.
Las autoridades señalaron que los menores serán incluidos en programas de prevención del extremismo violento y seguimiento social.
El retorno reabre el debate en Australia sobre la repatriación de familiares de combatientes extranjeros del EI.
Expertos y organizaciones humanitarias sostienen que mantener indefinidamente a ciudadanos en campamentos sirios puede aumentar el riesgo de radicalización y vulnerar obligaciones internacionales en materia de derechos humanos.