Rubio, de fe católica, llegó al Palacio Apostólico a las 11.15 hora local (9.15 GMT) y fue recibido por el arzobispo bosnio Peter Rajic, nuevo prefecto de la Casa Pontificia de León XIV.
Lo hizo en una larga comitiva de vehículos que desfiló por la Vía de la Conciliación, envuelta en un fuerte protocolo de seguridad, y que cruzó la Plaza de San Pedro hasta entrar en el pequeño Estado pontificio a través del Arco de las Campanas, reservado a autoridades.
El encuentro con el primer papa estadounidense está previsto en el Palacio Apostólico a las 11.30 hora local (9.30 GMT), y acto seguido Rubio también mantendrá una reunión con el secretario de Estado vaticano, el cardenal Pietro Parolin.
No obstante, la cita entre Rubio y León XIV se produce en medio de un choque entre el pontífice y el presidente estadounidense a causa de la guerra contra Irán que iniciaron Estados Unidos e Israel.
El papa tachó recientemente de "inaceptable" la amenaza de Trump de arrasar a "toda una civilización" y este respondió llamándole "débil".
El magnate ha continuado con sus críticas al papa después de que Rubio anunciara su misión al Vaticano e Italia, y esta semana le acusó de creer que "está bien que Irán tenga un arma nuclear".
"La misión de la Iglesia es predicar el Evangelio y la paz. Por eso, si alguien desea criticarme por anunciar el Evangelio, que lo haga con la verdad, pues la Iglesia se ha manifestado contra todas las armas nucleares durante años y no cabe duda alguna al respecto", zanjó el papa este martes.
En una rueda de prensa el martes en la Casa Blanca, Rubio negó que el viaje a Italia esté motivado por ese encontronazo y reveló que quiere abordar con el papa la distribución de ayuda humanitaria en Cuba, dado que el Vaticano ha sido durante años mediador entre Washington y La Habana.
El secretario estadounidense también se reunirá mañana viernes con la primera ministra italiana, Giorgia Meloni, quien salió en defensa del papa y acabó siendo criticada también por Trump.