En un comunicado, el Comando de la Fuerza Aérea señaló que la aeronave, pilotada por el teniente coronel Lu y el teniente coronel Kuo, realizaba una misión de entrenamiento para simular un fallo de motor.
El organismo indicó que el aparato se estrelló a las 08:08 hora local (00:08 GMT) del martes en el extremo norte de la pista, lo que provocó la muerte de los dos oficiales.
"La Fuerza Aérea ya ha constituido un grupo especial de investigación para esclarecer las causas del accidente", apuntó el cuerpo castrense sin ofrecer detalles adicionales.
Este incidente se produjo casi seis meses después de que un avión de combate F-16 taiwanés desapareciese tras despegar de la base aérea de Hualien, en el este de Taiwán, durante una misión de entrenamiento nocturno.
Las autoridades taiwanesas lograron recuperar la caja negra de la aeronave el pasado marzo, pero el piloto, el capitán Hsin Po-yi, continúa en paradero desconocido.
La Fuerza Aérea de Taiwán desempeña un papel fundamental en la interceptación de las aeronaves de guerra chinas que sobrevuelan los alrededores de la isla, algo que se ha hecho cada vez más frecuente en los últimos años.