En un comunicado, la Comisión (secretariado) expresó su "profunda preocupación" por la situación de seguridad en Mogadiscio, incluidos los "enfrentamientos armados en zonas civiles".
La UA instó a todas las partes a "cesar inmediatamente los combates, actuar con la máxima moderación, proteger a la población civil y abstenerse de acciones que puedan agravar las tensiones".
La organización continental también les exhortó a resolver sus diferencias mediante "el diálogo y los procesos constitucionales establecidos".
Asimismo, instó al presidente de Somalia, Hassan Sheikh Mohamud, y a todos los actores políticos a continuar sus esfuerzos para "promover el diálogo nacional, la reconciliación y la búsqueda de consensos en pro de la estabilidad política".
La Comisión añadió que seguirá vigilando de cerca la situación y aseguró la disposición de la Unión Africana, a través de su Misión de Apoyo y Estabilización (AUSSOM) en el país, para prestar "pleno apoyo" a la restauración de la paz y la seguridad en Somalia.
Los combates se produjeron en áreas del centro de Mogadiscio, mientras el líder opositor y ex primer ministro Hassan Ali Khaire acusó al presidente somalí de lanzar contra su residencia un "ataque militar sostenido e indiscriminado con el aparente objetivo" de asesinarlo.
El Gobierno somalí acusó en un comunicado al ex primer ministro de estar detrás de un ataque perpetrado este miércoles por milicias afines "equipadas con armas pesadas" contra una instalación de la Policía.
"Lamentablemente, las armas pesadas que portaban también se utilizaron para disparar contra barrios residenciales habitados por civiles", señaló el Ejecutivo, mientras la Policía informó de que había lanzado una "operación de seguridad a gran escala".
Los enfrentamientos se producen cuando el país afronta una grave crisis política con raíces en el modelo electoral.
Según la Constitución provisional de Somalia de 2012, el mandato presidencial de cuatro años expiraba el 15 de mayo de este año, pero las enmiendas constitucionales aprobadas por el Parlamento el pasado marzo extendieron el mandato presidencial a cinco años.
La medida no fue aceptada por todos los actores políticos de Somalia -país dividido en diferentes administraciones regionales con alta autonomía- y es vista por sus críticos como una usurpación ilegal del poder.