El jerarca católico fue detenido por policías el 29 de junio en represalia por una misa celebrada en la iglesia Cruz del Calvario en la ciudad nicaragüense de Estelí (norte), en la que pidió a los fieles rezar por la Iglesia católica perseguida y mencionó expresamente al obispo desnacionalizado y excarcelado Rolando Álvarez.
La entrevista se la concedió al diputado sandinista y periodista Adolfo Pastrán, que dirige el programa Informe Pastrán TV, a quien dijo en la entrevista que "se siente bien".
La CIDH solicitó el martes a la Corte Interamericana de Derechos Humanos (Corte IDH) ampliar las medidas provisionales a favor del obispo emérito.
El pasado 4 de julio, el Gobierno de Nicaragua, a través del Ministerio del Interior, informó que había enviado a su casa al octogenario obispo, luego de que Estados Unidos exigiera su liberación "inmediata e incondicional".
Tras su detención, Mata habría permanecido bajo un régimen de "casa por cárcel", y si bien el Ministerio del Interior informó que estaba bajo "indagación", hasta entonces no existía información independiente que permitiera verificar su paradero o estado de salud.
La Comisión otorgó medidas cautelares a favor del obispo emérito en 2021 tras confirmar que fue objeto de una serie de mensajes de descalificación y descrédito hacía él y la Iglesia católica, así como de actos de hostigamiento, amenazas de muerte, intimidación, agresión y persecución en su contra en Nicaragua.
Desde 2018, la CIDH ha documentado un patrón sistemático de afectaciones contra obispos, sacerdotes, personas religiosas y laicas, consistente en actos de vigilancia, restricciones al ejercicio del culto, detenciones arbitrarias, expulsiones del país, la privación arbitraria de la nacionalidad, confiscación de bienes, el cierre forzado de congregaciones y otras represalias por el ejercicio de la libertad de religión.
Las relaciones entre el Vaticano y Managua están suspendidas oficialmente desde marzo de 2023.
En marzo de 2023, el fallecido papa Francisco calificó como una "dictadura grosera" el Gobierno de Daniel Ortega en Nicaragua, un mes después de la condena por "traición a la patria" del obispo Rolando Álvarez a 26 años y cuatro meses de prisión, ahora exiliado y desnacionalizado.
Ortega, a su vez, disolvió y expropió a la Compañía de Jesús, orden a la que pertenecía el sumo pontífice, y también ha calificado de "mafia" y antidemocrática a la Iglesia.
Además, al menos 261 religiosos, incluido el presidente de la Conferencia Episcopal de Nicaragua, Carlos Herrera, han sido desterrados de ese país, como resultado de la persecución religiosa contra la Iglesia católica, según el informe titulado 'Fe bajo fuego' de la ONG humanitaria Colectivo Nicaragua Nunca Más.