El sismo tuvo lugar cerca de las 6:00 de la mañana hora local (22:00 GMT del viernes) con el epicentro a unos 62 kilómetros al noroeste de la localidad de Ende, en la isla de Flores, y a 162 kilómetros al este-noreste de Labuan Bajo, a una profundidad de 10 kilómetros, según informó el Servicio Geológico de Estados Unidos (USGS).
"El incidente deja dos fallecidos y un herido", señaló BNPB en un comunicado, en el que señaló que el temblor se sintió con fuerza en diferentes puntos de la región, mientras continúa evaluando los impactos del sismo.
Si bien la alerta de tsunami fue inicialmente activada, se suspendió horas después.
Las imágenes facilitadas por la Agencia Nacional de Búsqueda y Rescate de Indonesia (Basarnas) muestran el colapso de varios edificios en diferentes puntos de la isla de Flores. La ciudad de Maumere, a unos 100 kilómetros del epicentro, también se ha visto impactada.
Por su parte, la Agencia de Meteorología, Climatología y Geofísica (BMKG) confirmó daños en varios edificios así como la evacuación de personas afectadas.
Hasta el momento, se registraron 37 réplicas con magnitudes que oscilaron entre 3,6 y 6,2, según la BMGK.
Se calcula que unas 2 millones de personas viven en la isla de Flores, con Ende y Maumere entre sus principales ciudades.
Indonesia se encuentra en el llamado 'Anillo de Fuego del Pacífico', una zona de intensa actividad sísmica y volcánica debido a la convergencia de varias placas tectónicas.
El archipiélago, formado por más de 17.000 islas, registra con frecuencia terremotos de gran magnitud.