El incidente, que se produjo durante la noche del viernes, no causó heridos entre los pasajeros o la tripulación del tren, dijo la empresa en un comunicado.
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Según la compañía, un tren de la línea Soya realizó una parada de emergencia sobre las 22.38 hora local del viernes (13.38 GMT) al avistar un oso en las vías, aunque el vehículo no logró parar a tiempo y embistió al animal.
En la mañana de este sábado un equipo de trabajadores y cazadores llegaron al lugar y determinaron que el primer vagón del tren había descarrilado.
JR Hokkaido anunció también cancelaciones de varios trenes para este sábado y el domingo, y dijo que tratará de restaurar el servicio en la vía lo antes posible.
La empresa no ofreció detalles sobre el estado de salud del animal.
Numerosas localidades de Japón se encuentran en alerta por el reciente aumento de los ataques de osos a humanos, que el pasado año provocaron un récord de 13 muertos y más de un centenar de heridos en todo el archipiélago.
En lo que va de 2026 se han registrado ya al menos seis muertes, según datos del Ministerio de Medioambiente japonés. Según los expertos, los ataques están relacionados con la despoblación en las zonas rurales y la falta de alimento en las montañas, entre otros motivos.