El aviso meteorológico, vigente desde las 14:00 hasta las 18:00 hora local (20:00 y 00:00 GMT), establece un nivel rojo por lluvias fuertes en las islas de Santa Cruz, la más poblada, San Cristóbal e Isabela.
Según el Inamhi, las precipitaciones previstas pueden variar en duración y prolongarse durante varias horas.
La advertencia se produce después de que las fuertes lluvias e inundaciones registradas a finales de octubre y principios de noviembre en Santa Cruz dejaran al menos una persona fallecida y alrededor de 2.000 afectados.
Las precipitaciones también provocaron daños en infraestructuras, interrupciones del suministro de agua y electricidad y el cierre temporal de espacios turísticos y el aeropuerto de la isla.
A nivel nacional, la Secretaría Nacional de Gestión de Riesgos (SNGR) registra 12 personas fallecidas y 21.898 damnificadas desde el pasado 28 de agosto, cuando el Gobierno declaró una alerta roja en el país por la llegada de El Niño.
Este fenómeno climático está caracterizado por el calentamiento de aguas del Pacífico que altera los patrones de lluvia. En Ecuador suele provocar precipitaciones intensas e inundaciones en zonas costeras y sequías prolongadas en la sierra.