En 2019, cuando todavía era ministro del Interior salió a la luz que Juan Ernesto Villamayor, junto al entonces procurador General de la República, Sergio Coscia, habían iniciado un juicio de ejecución para cobrar a la Municipalidad de Asunción G. 4.000 millones en concepto de honorarios.

El proceso había sido iniciado en diciembre de 2018. El encargado de representar a Villamayor y Coscia fue Raúl Daniel Ramírez, actual representante suplente del Ejecutivo ante el Consejo de la Magistratura y el encargado de que la firma Censu SA dejara de pagar unos G. 22.596 millones a Aduanas.

Villamayor y Coscia fueron abogados de la firma Ivesur, encargada de las inspecciones técnicas vehiculares, que le ganó a la Municipalidad de Asunción la suma de US$ 3,6 millones, en concepto de indemnización.

El monto fue establecido por un tribunal arbitral, cuyo fallo no fue apelado por quien luego fue contralor general y hoy imputado, Enrique García, cuando fue director jurídico de la comuna, entonces a cargo del procesado Mario Ferreiro.