Amaya, que trabajó de cerca con reconocidos entrenadores, es el actual técnico del club Atlántida de la primera de Ascenso, campeonato en el que ocupa el tercer lugar después de hacerse cargo del timón cuando el equipo estaba en la última colocación sin punto alguno. Atlántida con Amaya disputó 9 partidos: 6 victorias, 2 empates y 1 derrota.

El mencionado profesional que obtuvo su título de técnico en fútbol en el año ’89 tiene en su registro haber dirigido a clubes como Nacional, Rubio Ñu, 12 de Octubre, Sol de América y el seleccionado de Caaguazú. Así, también tiene en su trayectoria haber oficiado de asistentes de conocidos entrenadores en clubes como Cerro Porteño, Libertad, entre otros.

Su experiencia internacional se traslada en su propio país, donde junto a Oscar Paulín (actual DT de Tacuary) trabajó en las divisiones formativas del afamado Colo Colo, de donde tuvo que alejarse atendiendo el mal momento financiero del citado club chileno.

Amaya es un apasionado de la promoción de juveniles y esa virtud lo ratifica al mando del plantel "oceánico", donde, a decir de él, existen las condiciones dirigenciales adecuadas para este tipo de emprendimiento.