En Copa Libertadores, Cerro Porteño jugó ante 14 equipos de Brasil, lo hizo contra Palmeiras (10 partidos), Atlético Mineiro (8), Santos, Gremio y Corinthians (6), Sao Paulo y Cruzeiro (4), Botafogo, Flamengo, Vasco da Gama, Sao Caetano, Paysandú, Santo André y Athletico Paranaense (2).

Si tiene un cruce con el Fluminense, pero en la Copa Sudamericana del año 2009. Fue en la semifinal de dicho torneo. El primer partido se jugó en cancha de Cerro Porteño y allí fue victoria de los visitantes 1-0 con gol del delantero Fred, que sigue jugando en el tricolor de Río de Janeiro.

La revancha se jugó en Río de Janeiro, Cerro se puso en ventaja temprano con gol de Luis Cáceres, pero en tiempo de descuento se vinieron dos goles del Fluminense a través de Gum y Alan, el segundo cuando hasta Diego Barreto fue a buscar el gol en un tiro de esquina y se vino el contragolpe.

Pero ese partido se recuerda por la batalla campal entre los jugadores después del segundo gol, por una provocación hacia el banco de Cerro Porteño. Todos los jugadores se unieron a la pelea, entre los jugadores de Cerro estaban Roberto Nanni y Jorge Brítez, entre otros. El Ciclón era dirigido técnicamente por Pedro Troglio.