Un tanto de Germán Barrios a los 27 minutos y uno de Nicolás Medina a los 72 adelantaron al Violeta en el encuentro disputado en el estadio Gran Parque Central.
El Tricolor descontó a los 89 por intermedio del exdelantero de Valencia y Celta Maximiliano Gómez, quien anotó cambiando por gol un penalti sancionado por el árbitro tras una mano dentro del área.
A los 92 minutos, Gómez aprovechó una jugada que la defensa adversaria no pudo despejar tras un centro de Gastón Martirena y un toque al medio del argentino Alejandro Martínez y marcó el empate.
Dos minutos después y cuando el encuentro estaba a punto de terminarse, un cabezazo del costarricense Francisco Calvo selló la épica victoria de los dirigidos por Daniel Carreño.
Con este resultado, Nacional llegó a once unidades en la clasificación y escaló al octavo lugar, mientas que se mantuvo quinto en la Tabla Anual acumulada.
Desde que el pasado 17 de agosto comenzó su tercer ciclo como entrenador de Nacional, Daniel Carreño se mantiene invicto con cinco victorias y tres empates.
Uno de los triunfos fue en el Clásico de la cuarta fecha, en el que el Tricolor venció por 0-1 a Peñarol con un gol de taco del central Calvo.