Francisco Pastor Alvarenga Núñez:
15-agosto-2013 - 21-mayo-2015
Destituido e imputado por el escándalo por el desvío de 1.150 millones del rubro de combustibles, con tarjetas magnéticas de Petropar.
Aldo Ramón Pastore López:
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22-junio-2012 - 15-agosto-2013
Reemplazado cuando asumió el nuevo gobierno de Horacio Cartes, tras ocupar el cargo en el periodo presidencial de Federico Franco.
Arnaldo Sanabria Morán:
16-junio-2012 - 22-junio-2012
Estuvo solo seis días como comandante, tras la masacre de Curuguaty y hasta la destitución de Fernando Lugo.
Paulino Rojas Figueredo:
14-diciembre-2011 - 16-junio-2012
Comandante hasta la masacre de Curuguaty, fue destituido al igual que el ministro del Interior, Carlos Filizzola, y el presidente, Fernando Lugo.
Idalino Bianconi Villalba:
16-junio-2011 - 14-diciembre-2011
Fue echado porque se descubrió que su hijo usaba vehículos, armas y otros bienes de la Policía con fines particulares.
José Visitación Giménez Duré:
21-agosto-2009 - 16-junio-2011
Su cambio se produjo en coincidencia con la destitución del entonces ministro del Interior, Rafael Filizzola, ordenada por el presidente Fernando Lugo.
Viviano Machado Orihuela:
24-noviembre-2008 - 21-agosto-2009
Cambiado, principalmente, porque su hermano, Inocencio Machado, fue acusado de ordenar la muerte de toda la familia del comisario Édgar Salcedo.
Federico Acuña Araújo:
15 -agosto-2008 - 24-noviembre-2008
Reemplazado al cabo de los 100 días del gobierno de Fernando Lugo, por no combatir la corrupción interna. Después sería ministro del Interior.