El batallón, creado por Decreto 2764 del 24 de agosto del 2009, es un equipo de fuerzas especiales de distintas armas de las Fuerzas Armadas, especialmente adiestrado para luchar contra elementos antiterroristas y del narcotráfico, conforme se había explicado. Sus efectivos pueden desempeñarse por tierra, aire y agua. Su comandante es el Cnel. Eulogio Ramón Ortega Peña.
El entrenamiento de la fuerza de élite comenzó en 2007 y en 2009 fue elevado a batallón. El 4 de noviembre del 2009, durante una ceremonia de “transferencia final” de los equipos al BCFE, realizado en Campo Grande, la entonces embajadora norteamericana en nuestro país Liliana Ayalde destacó que el valor total de los equipos donados por el ejército de su país totalizaban “más de 1.390.000 dólares americanos, y está compuesto de equipos de alta tecnología de comunicaciones, armas y artefactos de visión nocturna”. La diplomática, en su discurso, agradeció al Comando Sur y al Comando de Operaciones Especiales del Sur de las Fuerzas Militares de los Estados Unidos para su colaboración con el proyecto.
El empleo del BCFE en la lucha contra el EPP es un reclamo que siempre se escuchó a nivel militar. En su momento, el ahora ministro de Defensa, Gral. Ejér. (SR) Bernardino Soto Estigarribia, dijo que era la fuerza indicada para actuar contra el grupo criminal.