Poco antes Mirtha Gusinky pasó por el lugar e ingresó a su residencia, lo que se suponía iba a ocurrir con su hija Cecilia, que venía tras ella.
Sin embargo, los secuestradores procedieron a obstaculizar el paso de la camioneta, marca Nissan, tipo Patrol, de color bordó, con chapa AKB 093 Paraguay, en la que iba la víctima.
Del automóvil Ford descendieron dos personas, que se dirigieron a la camioneta para tomar a Cecilia.
Paralelamente a lo sucedido, otras personas con el fin de inmovilizar la camioneta de Cecilia, efectuaron disparos de arma de fuego contra el automotor.
Luego de ello, lograron doblegar a Cecilia y la introdujeron al automóvil marca VW, tipo Santana.
Ese mismo día a las 19:45, los secuestradores llamaron al domicilio de la familia Cubas Gusinky.
La persona que había realizado la llamada era un hombre, quien se identificó como miembro del grupo que había realizado el secuestro de Cecilia Cubas, y que manifestó que ella no había sufrido daño alguno. Indicó también que no se metiera la policía, la fiscalía ni la prensa. “…Hagan lo que les digo o les va costar muy caro…”, advirtió.
Así en los días y meses posteriores se efectuaron las negociaciones con los secuestradores para liberar a Cecilia Cubas. Estas comunicaciones se dieron a través de varios medios de comunicación como vía telefónica, envío de correos electrónicos, esquelas dejadas por los plagiarios en lugares preestablecidos por los mismos.
En cuanto al monto solicitado por los captores de Cecilia Cubas a la familia, la suma fue de 5.000.000 de dólares americanos, monto este que fue negociado por los familiares hasta llegar a la suma de 300.000 dólares para el pago del rescate.
La familia pagó el dinero requerido por los secuestradores, pero el 15 de noviembre los padres de Cecilia recibieron un correo electrónico donde los captores mencionaron que tenían el dinero pero que ello era a cuenta de los errores que había cometido la familia, y que esto fue anteriormente advertido.
A partir de ahí se cortó la comunicación, por lo que la familia Cubas Grau manifestó que los secuestradores no tenían palabra y lo peor de todo que ilusionaron con que iban a dejar salir a Cecilia.
La respuesta no se hizo esperar, ese mismo día, se recibió un e-mail de los secuestradores, con términos muy duros, el cual decía que la familia hizo lo peor que podrían haber hecho. Se burlaron de la capacidad de las autoridades de encontrar a Cecilia, y que ella nunca iba a ser hallada. Así también mencionaron que en el caso de que se la encontrara sería en pedacitos.
Desde ese momento los secuestradores ya no respondieron a los familiares de Cecilia.
El 16 de febrero de 2005 en una vivienda ubicada en Las Palmas Nº 342 entre 2ª y 3ª Proyectada del barrio Mbocayaty de la ciudad de Ñemby, se encontró el cuerpo de Cecilia enterrado en una fosa de medio metro, que estaba debajo de otra cámara que fue cubierta con varios enseres ocultados por los secuestradores.
El cuerpo de Cecilia estaba tapado con cal y arena y sobre esta capa de escombros colocaron piedras.
Los secuestradores sellaron la entrada al túnel con una nueva capa de tierra y alisada con cemento. Ese boquete también fue cubierto con madera sobre el piso exterior, y encima se esparció y se compactó con tierra extraída del túnel toda la superficie de la piecita y finalmente se hizo un nuevo alisado de pórtland.