Javier Vargas nació en San Antonio el 9 de diciembre de 1939 y se inició en la orquesta 1º de Marzo de la División Militar de Cerrito, Chaco, en donde realizó su servicio militar.
En 1958 viajó a Buenos Aires para realizar cursos de técnica vocal. Entre 1959 y 1960, formó parte de la orquesta de Florentín Giménez y del conjunto de Rubito Larramendia.
En el año 1962 se integró al renombrado conjunto, Los Chulupies de Álvarez Corrales. Entre los años '64 y '70, actuó como solista durante temporadas en los recitales de radio Splendid de Buenos Aires.
Además, actuó como solista en zarzuelas y comedias musicales, como "La leyenda del Karaû" y "La tejedora de Nandutí".
Grabó varios materiales discográficos y desde 1975 tenía su propio programa radial. Formó además su trío denominado San Antonio, por lo que, con su deceso, se va un grande de la música paraguaya.