Los incidentes en el centro con unos 500 internos comenzaron alrededor de las 21:00 hora local del sábado (18:00 GMT), cuando un grupo comenzó a lanzar piedras y otros objetos contra los agentes presentes en las instalaciones.
Los enfrentamientos causaron considerables destrozos en las instalaciones y también afectaron a las cámaras de seguridad, los equipos contra incendios y varios vehículos oficiales.
Para poner la situación bajo control la Policía movilizó un amplio dispositivo, incluida una unidad antidisturbios, ambulancias y un vehículo de bomberos.
Durante los incidentes, que se prolongaron durante tres horas, un grupo de migrantes consiguió levantar una parte de la valla exterior del centro y escapar.
La Policía detuvo a tres internos dentro del centro y a otros 14 en el exterior, al tiempo que investiga si más personas pudieron escapar y se encuentran huidas.
Los 17 detenidos serán puestos a disposición de la Fiscalía.
Los cinco heridos fueron trasladados a un centro médico cercano y dos de ellos siguen hospitalizados.
El centro de Sintiki, situado en la región de Serres, acoge a unos 500 migrantes, en su mayoría personas que van a ser expulsadas de Grecia.