El sismo se produjo a las 05h45 del lunes (21h45 GMT del domingo), a una profundidad de 56 km, a 73 km al sudeste de la ciudad de Davao, indicó el Servicio de Geofísica estadounidense (USGS).
El instituto subrayó que era poco probable que hubiera víctimas o daños.
El observatorio de Hong Kong evaluó por su lado en 6,0 la magnitud del sismo.
La isla de Mindanao enfrenta por otro lado las consecuencias del tifón Bopha, que la semana pasada devastó el sur de Filipinas, dejando al menos 548 muertos, la mayoría en la isla.
Filipinas se halla sobre el Anillo de Fuego del Pacífico, donde placas tectónicas chocan entre sí provocando una intensa actividad sísmica y volcánica.