La ciudad, reconocida como la “Perla del Paraguay”, tiene actualmente la denominación de “Encarnación”, en honor a su nombre de origen, bautizado por Roque González de Santa Cruz un 25 de marzo de 1615. El sacerdote jesuita nombró esa misión como “Nuestra Señora de la Encarnación de Itapúa”, debido a que en esa misma fecha el calendario católico celebra la concepción del Niño Dios.
La Encarnación es el misterio central católico en que el Hijo de Dios asumió naturaleza humana a través de la Virgen María y por obra del Espíritu Santo, basado en el texto bíblico Juan 1:14: “el Verbo se hizo carne”.
Tras su primera adscripción, en el año 1843, el presidente Carlos Antonio López dio una nueva categorización al territorio, que pasó a denominarse “Villa Encarnación”. Posteriormente, el 6 de junio de 1907, el poblado adquirió categoría de ciudad.

No obstante, recién en 1945, con la nueva demarcación territorial, se constituyó el séptimo departamento de Itapúa, y su capital fue nominada “Encarnación”. El propio territorio que nació como la primera misión jesuita sobre el río Paraná dio nombre al séptimo departamento y a su capital.
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Crecimiento de la ciudad
La actual plaza de armas fue un cuartel general a cargo del comandante Fulgencio Yegros, uno de los próceres de la independencia en 1811.

Entre 1816 y 1850, Encarnación fue el único puerto del país para la entrada y salida de personas y mercaderías. Se estima que para 1850 en Villa Encarnación no vivían más de 600 moradores, debido a la expulsión de los indígenas por decreto del presidente López, quienes fueron reubicados en la actual Carmen del Paraná en 1843.
Según registros de 1767, se estimaba que el poblado tenía 4.600 habitantes, pero que, tras la expulsión de los jesuitas y el retorno a los montes de algunos originarios, esta se redujo a 2.900. Tras el abandono de la ciudad, en 1848 se utilizaron las maderas del templo principal para la construcción de un puente sobre el arroyo Caraguatá, actualmente en el límite entre San Juan del Paraná y Carmen del Paraná.
A finales del siglo XIX comenzaron a llegar los primeros inmigrantes alemanes, italianos, sirios, libaneses, ucranianos, polacos y belgas. Para 1960, la población rondaba las 20.000 personas.
Actualmente, tras la transformación creada por el embalse de la represa de Yacyretá, la ciudad creció abruptamente. Según el último censo de 2022, la capital departamental cuenta con 106.842 habitantes. Estos datos fueron expuestos en la obra de Roberto Zub “Encarnación, una mirada introspectiva a cuatro siglos de historia”.
