Según los registros, es una tradición paraguaya que data del siglo XVII. Varias leyendas rodean a la figura de la virgen, pero la más conocida es la del padre Teófilo Cáceres Vega, un estudioso del origen de la devoción.
Ocurrió en 1603 cuando un nativo desconocido de Táva-Tobatí (Arroyos y Esteros) se internó en la selva para buscar madera que utilizaría para tallar la imagen de la Inmaculada Concepción de María y otros santos. Estos se realizaban para el adoctrinamiento del pueblo en el templo que acababan de erigir.
El nativo recorrió cinco kilómetros cuando un hermoso cedral cautivó sus ojos, cuenta la leyenda, seguido por un gran estampido como de un tropel de gente que avanzaba hacia el cedral. Se trataba de los indómitos mbayáes que incursionaban como otras veces en esos parajes para asaltar al pueblo.
Como su vida pendía de un hilo, el nativo recurrió a su fe y se acurrucó detrás de un imponente cedro, desde donde prometió a la Inmaculada Concepción de María que si lo salvaba, esculpiría dos imágenes suyas con la madera del árbol.
Al terminar la plegaria, el indígena escuchó un estrepitoso trueno, que atemorizó a los silvícolas, quienes se dieron a la fuga.
El indígena fue luego bautizado como “Bezaleel” (artesano elegido por Dios) y esculpió una imagen de la virgen para la devoción de su pueblo y otra para su veneración personal y familiar.
La imagen de la Inmaculada Concepción de María midió 1,15 m. de altura y fue destinada al templo de la Táva; la otra imagen de menor tamaño de unos 30 a 40 cm. de altura para su devoción particular. Esta última tenía la medida para caber en un cofre para acompañar al artesano en sus viajes.
En un viaje a la capital asuncena, el escultor llevó consigo la imagen de la virgen en un hermético maletín de cuero. Durante el viaje lo sorprendió la inundación de la comarca de Arecayá, que lo dejó sin vida.
Según la leyenda, el agua fue conjurada por el evangelizador franciscano fray Luis Bolaños formándose así el lago Ypacaraí. Fue ahí cuando el religioso avistó el maletín con el tallado flotando en las aguas.
Fray Luis de Bolaños entregó la imagen a un indígena carpintero de la comarca de Atyrá, de nombre José, quien se encargó de pregonar el milagro de la imagen hallada en el lago Ypacaraí.
Un día, el padre doctrinero de Atyrá comisionó a José a Ka’aguy Kupe en busca de selectas maderas para sus construcciones. El indígena se sintió atraído como por un imán por esa zona tan pintoresca. Un buen día, él y su familia llevando reverentemente su Virgencita se trasladaron a Ka’aguy Kupe (hoy Caacupé). La andariega familia consiguió una parcela en las proximidades de Zanja Hu, a unos dos kilómetros del entonces futuro ejido de Caacupé.
José pronto erigió una hermosa ermita en honor a su venerada imagen. Comenzaban a concurrir junto a ella caravanas de devotos de la zona.
A la muerte del José, su esposa y su único hijo, la imagen quedó al cuidado de una hermana del carpintero atyreño, cuyo nombre también quedó en el anonimato. Por breve tiempo, hacia 1750 la imagen de la Virgencita volvió a Tobatí para regresar definitivamente a Ka’aguy Kupe.
La hermana de José envió la imagen a la familia Aquino de Caacupé. Abrumada por la responsabilidad, la familia entregó la imagen a doña Juana Curtido de Gracia, quien donó 200 metros de terreno para la erección de un oratorio para ser morada de la Virgen de los Milagros de Caacupé, que con el tiempo fue trasformándose en el Santuario Nacional de Caacupé.