Céspedes fue investigado por la Contraloría tras hallarse irregularidades en su gestión cuando fue gobernador (2003-2006).

En el 2007 el entonces contralor Octavio Airaldi ordenó una auditoría a la Gobernación de San Pedro correspondiente al ejercicio fiscal del 2006.

El trabajo de los auditores detectó que el manejo administrativo de ese ejercicio fiscal era deficiente. Detectaron millonarios gastos que no estaban presupuestados en el Plan Operativo Anual. También hallaron que los proyectos presupuestados en su mayoría no fueron ejecutados.

Entre todas las secretarías de la Gobernación, en la de Agricultura se registró la mayor cantidad de erogación fuera del presupuesto. Según informe de Contraloría, G. 403.189.177 es el dinero que se habría desviado bajo el concepto de asistencia a agricultores, distribución de herramientas e insumos, ayuda a comités, entre otros.

También se desembolsaron G. 241.299.567 para arreglos de caminos, construcción y mantenimiento de puentes y para arreglos de plazas y tinglados, pero los trabajos no fueron realizados ni se informó al respecto. Según los datos, en ese periodo se realizaron pagos de jornales a personas sin que existan contratos que demuestren su dependencia con la Gobernación.

El daño patrimonial calculado por auditores de la Contraloría es de G. 2.186.435.930

La conclusión de la auditoría a la administración de Céspedes fue presentada a la Fiscalía General por el anterior contralor Óscar Velázquez el 21 de marzo del 2012.

Fuentes del Ministerio Público señalaron que la denuncia fue recibida en Gabinete Fiscal y de allí derivada a la Dirección de Delitos Económicos para un análisis jurídico. Llamativamente y pese a los indicios dicha dirección dictaminó que “no existen méritos para la apertura de una causa penal” y posteriormente devolvieron la denuncia a la Contraloría.

Céspedes, en su momento fuertemente vinculado al presidente Nicanor Duarte Frutos, al ser consultado ayer sobre el tema, primero se rió y luego respondió que la Fiscalía le investigó “hasta el culo” sin encontrar nada.