El sector de izquierda apeló las resoluciones de los juzgados electorales de dichos departamentos en donde la integración estaba exclusivamente conformada por sectores del Partido Colorado y del Partido Liberal.
Las Juntas Cívicas de cada distrito electoral están conformadas por cinco miembros titulares y cinco suplentes, representantes de agrupaciones políticas que cumplen funciones antes, durante y después de los comicios. Tienen la función de acreditar veedores, distribuir materiales electorales, recibir actas de escrutinio de las mesas y adoptar medidas de seguridad durante la votación.
Los ministros del Tribunal Superior de Justicia Electoral dispusieron que las Juntas Cívicas de los distritos de Misiones, Concepción, San Pedro, Guairá, Caazapá y Caaguazú estén integradas para las elecciones municipales por 2 representantes de la ANR, 2 del PLRA y 1 del Frente Guasu según corresponda en cada distrito conforme a la oficialización de las candidaturas y la acreditación de las propuestas para la integración.
La Concertación apeló la resolución mencionando que los tribunales electorales no alegaron porque las concertaciones no tienen representación en la Cámara de Senadores.
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Expusieron que el artículo 34 de la Ley 635/35 establece que para la composición de la Junta Cívica será tomada en cuenta la proporción con el resultado que hubieran obtenido en las últimas elecciones para el Congreso Nacional, adoptando como base la representación que tuvieran en la Cámara de Senadores.
Según el sector, en las últimas elecciones, la ANR logró 19 escaños que representan el 35.94% de los miembros, el PLRA obtuvo 13 escaños que representan el 24.43%, mientras que el Frente Guasu obtuvo 5 escaños, que representan el 9.90% de la composición.
Apoderados de la ANR habían argumentado que el sector no podría integrar por ser concertación.