El departamento se presentaba como un verdadero espacio periférico del Paraguay y se podría decir que se encontraba en esta situación hasta el 2004, año en que la ruta pavimentada Nº 10 conecta directamente Asunción con Salto del Guairá, pasando por San Estanislao y Curuguaty.
Hasta entonces, solo el Alto Paraná contaba con una conexión privilegiada con el extremo Este del departamento, donde se encuentra la ciudad fronteriza de Salto del Guairá.
Así, se cumplen solo diez años de integración efectiva del departamento de Canindeyú al resto del país y desde entonces fueron intensas las transformaciones que tuvieron lugar en esta región particular del Paraguay, tanto en términos económicos como sociales.
Según la consultora Investor, la economía del departamento de Canindeyú exhibe dos caras diferentes: por un lado, la imagen de una zona productiva agrícola y comercial, en las zonas de poblamiento antiguo y con mayor acceso a infraestructuras de comunicación y servicios y, otra cara que se caracteriza por actividades ilícitas, que se sitúan en el espacio periférico y fronterizo, principalmente. Como toda frontera internacional, los flujos de personas y bienes tienen un ritmo propio, pero si se agrega que esta frontera no está conformada por un río u otro accidente geográfico, la misma se vuelve aún más porosa y por lo tanto atrae actividades que se sitúan fuera del marco legal. Canindeyú es un departamento cuya economía se caracteriza por disponer de diferentes tipos de sistemas productivos, donde la agricultura tiene un rol estructurante en la sociedad y el territorio. Conocer la forma de organización de los cultivos, incluido los ilícitos como la marihuana, permitirá comprender las fuerzas que impulsan el crecimiento y el desarrollo social de este departamento. Como toda zona periférica, el poblamiento y la utilización del espacio se realiza principalmente bajo el modelo de expansión agrícola, a la que se agregan los sectores secundarios y terciarios.
El Censo Económico del 2011 permite observar la organización de la economía no agrícola, en la que el comercio, la industria y los servicios tienen diferentes orientaciones. Salto del Guairá, además de ser la capital del departamento, es un pujante centro comercial en emergencia, con un crecimiento de las actividades comerciales como resultado de la atracción de compradores brasileños. El aporte de la economía de Canindeyú es muy importante, principalmente por la producción y generación de ingresos a partir de los diferentes productos agrícolas. Sin embargo, las actividades ilícitas afectan a la institucionalidad política que impacta luego en los actores económicos.