Villegas falleció a los 61 años de edad, 19 días después de someterse a una cirugía para tratar un cáncer de esófago. El presidente boliviano, Evo Morales, lamentó el deceso del titular de YPFB y decretó duelo nacional sin suspensión de actividades de 72 horas.
"Es una pérdida inmensa. Hombre honesto, difícil de reemplazar", dijo. "Es una enorme pérdida para Bolivia, lo siento mucho, lo digo por el amigo, el funcionario y el intelectual", afirmó el jefe de Estado en declaraciones a la agencia boliviana de información ABI.