Durante la conformación de las mesas de votación en el Colegio Nacional Víctor Natalicio Vasconsellos —recinto donde sufragan los afiliados de la Asociación Nacional Republicana (ANR)— surgió un conflicto respecto a la ubicación de los cuartos oscuros donde estaban las máquinas de votación.
La disputa se originó principalmente cuando integrantes del movimiento General Bernardino Caballero solicitaron que los cuartos oscuros se ubicaran en los pasillos, y no dentro de las aulas, tal como estaba previsto.
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Según argumentaron, esa ubicación no garantizaba la transparencia necesaria para el proceso electoral. Los representantes de este grupo señalaron que, al estar en el interior de las salas, los votantes podrían utilizar teléfonos celulares para fotografiar su elección; además, existiría el riesgo de que los equipos sufrieran daños accidentales por ejemplo, por derrame de líquidos.
Asimismo, exigieron el cumplimiento estricto de una resolución de la Justicia Electoral que, según indicaron, establece que la votación debe desarrollarse con absoluta transparencia.
Por su parte, los integrantes del movimiento Honor Colorado sostuvieron que los cuartos oscuros debían permanecer dentro de las aulas, ya que el voto debe ser secreto y esos espacios ofrecen la privacidad requerida para ello.
Tras un prolongado debate entre ambas agrupaciones, los delegados del Tribunal Electoral Partidario llegaron a un acuerdo: se conformarían las mesas correspondientes, y serían sus propios miembros quienes decidirían la ubicación final de los cuartos oscuros, por ser ellos la máxima autoridad dentro del local durante la jornada electoral.
La instalación de las 34 mesas habilitadas en este recinto comenzó a las 7:20, con un retraso de casi una hora, ya que estaba prevista para las 06:30. Una vez constituidas todas las mesas, el proceso de votación se inició cerca de las 8:00.
En la escuela Agustín Pío Barrios —recinto asignado a los afiliados del Partido Radical Auténtico, con 19 mesas habilitadas para unos 7.500 electores— la instalación también comenzó con demora, debido a dificultades para integrar a los miembros de mesa.
De igual forma, cerca de las 8:00 quedó oficialmente inaugurada la jornada electoral en este local. Por su parte, la escuela Pedro P. Peña cuenta con 6 mesas habilitadas para la tercera fuerza política, conformada por el Partido Revolucionario Febrerista, Yo Creo, Cruzada Nacional y Tekojoja.